近幾十年來，色譜作為一種強有力的分離技術(shù)，與質(zhì)譜等檢測方法的結(jié)合得到了極大的發(fā)展。色譜的應(yīng)用根據(jù)用途可分為兩類：制備色譜和分析色譜。
制備色譜法的目的是分離混合物以獲得一定量的純組分，包括有機合成產(chǎn)物的純化、天然產(chǎn)物的分離純化和去離子水的制備。與色譜出現(xiàn)之前的重結(jié)晶等純化分離技術(shù)相比，色譜法可以一步完成混合物的分離，但色譜分離純化的收率有限，僅適合實驗室應(yīng)用。
分析色譜法的目的是定量或定性地確定混合物中成分的性質(zhì)和含量。定性分析色譜法包括薄層色譜法、紙色譜法等，定量分析色譜法包括氣相色譜法、高效液相色譜法等。色譜法在分析領(lǐng)域的應(yīng)用使分離和測定過程成為一體，降低了混合物分析的難度，縮短了分析周期。這是一種相對主流的分析方法。
液相色譜法的應(yīng)用領(lǐng)域有：
生命科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用
重要的生命物質(zhì)，如氨基酸、多肽、蛋白質(zhì)、堿基、核苷、核苷酸、核酸（RNA、DNA）可通過液相色譜法進行純化和分析。
藥物分析
合成藥物的純化和質(zhì)量控制，中草藥有效成分的分離、制備和純度測定，以及臨床藥物藥代動力學(xué)研究中的分離和分析都是通過液相色譜法來解決的。除聚合物外，約80％的藥物可通過液相色譜分離純化。
食品分析
分析食物本身的成分，尤其是營養(yǎng)成分，如糖、有機酸、維生素、蛋白質(zhì)、氨基酸和脂肪。
分析食品添加劑，如防腐劑、抗氧化劑、合成色素、甜味劑和防腐劑。
分析食品污染物，如農(nóng)藥殘留和。
環(huán)境監(jiān)測
用于分子量大、揮發(fā)性低、熱穩(wěn)定性差的有機污染物的分離分析。如多環(huán)芳烴、酚類、多氯聯(lián)苯、鄰苯二甲酸酯、聯(lián)苯、陰離子和非離子表面活性劑、有機農(nóng)藥等，已成為環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域的重要分析工具。
精細化工產(chǎn)品分析
對于一些分子量較大、沸點較高的有機化合物，如高碳數(shù)的脂肪族或芳香族醇、醛和酮、醚、酸、酯等化學(xué)原料，以及各種表面活性劑、藥物、農(nóng)藥、染料等化工產(chǎn)品，都可以用液相色譜法進行分析。
