采集水樣應(yīng)注意無菌操作，以防止雜菌混入。取水樣時，選用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。對于用氯氣處理過的水，取樣前在每500ml的水樣中加入2ml的1.5%的溶液。
在取自來水時，水龍頭嘴的里外都應(yīng)擦干凈。再用酒精燈灼燒水龍頭滅菌，然后把水龍頭打開，放水5min~10min后再將水龍頭關(guān)小，采集水樣。這樣的取樣方法能確保供水系統(tǒng)的細(xì)菌學(xué)分析的質(zhì)量，但是如果檢測的目的是用于追蹤微生物的污染源，建議還應(yīng)在龍頭滅菌之前去水樣或在龍頭的里邊和外邊用棉拭子涂抹取樣，以檢測龍頭自身污染的可能性。
從水庫、池塘、井、河流等處取水樣時，用無菌的器械或工具拿取瓶子和打開瓶塞。應(yīng)先將無菌取樣器浸入水下1cm~15cm處（井水則在水下50cm深處采樣），然后掀起瓶塞采集水樣。流動水區(qū)應(yīng)分別采取靠岸邊及水流中 心的水。如果不具備適當(dāng)?shù)娜觾x器或臨時取樣工具，只能用手操作，但取樣時應(yīng)特別小心，防止用手接觸水樣或取樣瓶內(nèi)部。
（8）空氣樣品的采取
空氣的取樣方法，有直接沉降法和過濾法。
在檢驗空氣中細(xì)菌含量的各種沉降法中，平皿法是早的方法之一，到目前為止，這種方法在判斷空氣中浮游微生物分次自沉現(xiàn)象方面仍具有一定的意義。平皿法就是將瓊脂平板或血液瓊脂平板放在空氣中暴露一定時間，然后37℃培養(yǎng)48h，計算所生長的菌落數(shù)。
