基于圖像的表型分析方法，如廣泛使用的 Cell Painting分析，使用高內(nèi)涵成像和多參數(shù)輸出來研究細(xì)胞中的生物、遺傳和化學(xué)擾動。這種日益流行的方法正被應(yīng)用于從藥物發(fā)現(xiàn)項目到基因組篩選研究。
在標(biāo)準(zhǔn)的 Cell Painting 實驗中，各種細(xì)胞器和結(jié)構(gòu) ( 細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)、線粒體、高爾基體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、細(xì)胞骨架、胞質(zhì) RNA 和核仁 ) 在 5 個成像通道中被采集。這種廣泛的細(xì)胞染色能夠以單細(xì)胞分辨率對多種形態(tài)的擾動進(jìn)行監(jiān)測和定量。已發(fā)表的 Cell Painting 分析的局限性包括適合的染料可用性狹窄以及成像系統(tǒng)提供足夠的光譜分離能力。具體來說，高爾基體和肌動蛋白是通過同一通道成像的，這就給圖像分析中區(qū)分這兩個結(jié)構(gòu)帶來了挑戰(zhàn)。這種限制可能會干擾 hit 的選擇或掩蓋某些化合物的效果，特別是那些具有影響高爾基體 ( 生物合成途徑 ) 或細(xì)胞骨架網(wǎng)絡(luò)的作用機(jī)制 (MOA) 的化合物。
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