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Thermo熒光分光光度計(jì)測(cè)量寡核苷酸的熔解溫度

閱讀:85發(fā)布時(shí)間:2026-2-3

   生物材料由許多化學(xué)鍵組成,隨著溫度的升高,材料內(nèi)能增加同時(shí)化學(xué)鍵斷裂。這種因化學(xué)鍵斷裂而導(dǎo)致生物材料結(jié)構(gòu)改變的現(xiàn)象被稱作熱變性。此外,時(shí)的變性溫度被稱為熔解溫度。熔解溫度是用于表征材料穩(wěn)定性的指標(biāo)之一。


   寡核苷酸是一種遺傳物質(zhì),由多組堿基構(gòu)成。寡核苷酸可以很容易地和它們的互補(bǔ)對(duì)鏈接,所以常用來作為探針確定DNA或RNA的結(jié)構(gòu),經(jīng)常用于基因芯片、電泳、熒光雜交等過程中。


   本實(shí)驗(yàn)采用Thermo Fisher公司的lumina熒光分光光度計(jì)配備 Peltier 溫控系統(tǒng)對(duì)不同溫度下的熒光性能進(jìn)行了測(cè)量。Peltier溫控系統(tǒng)可快速精準(zhǔn)地對(duì)溫度進(jìn)行調(diào)節(jié),溫度范圍可控制在-10℃到100℃。該系統(tǒng)有樣品除霜功能、磁力攪拌功能和溫控功能。本研究采用 Lumina 和 Peltier系統(tǒng),結(jié)合熒光標(biāo)記,研究了寡核苷酸熒光強(qiáng)度與溫度的關(guān)系。根據(jù)一階導(dǎo)數(shù)分析熔點(diǎn)曲線并計(jì)算出了TM 值。


如圖1所示,我們將Alexa Fluor® 488 熒光探針標(biāo)記在寡核苷酸的5′ 端部,將Alexa Fluor® 532 熒光探針連接在另一端。


實(shí)驗(yàn)步驟

1.添加 10ml 的 Tris-EDTA 緩沖液(pH 8.0)到兩根塑料管中,形成濃度分別為172mM(供體)和

190mM(受體)的NaCl溶液。

2.在上述緩沖液中溶解供體/受體寡核苷酸,使?jié)舛茸優(yōu)?00nM。

3.混合已制備的供體試劑和受體試劑,然后在室溫下培養(yǎng)5分鐘。

4.將Peltier系統(tǒng)安裝在 Lumina上。

5.打開Luminous的Thermal軟件,如圖3輸入預(yù)定參數(shù)。使用軟件(Excel®, Origin®等)根據(jù)供體各測(cè)量點(diǎn)數(shù)據(jù)計(jì)算一階導(dǎo)數(shù),并在測(cè)查看TM 值。 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果

FRET 現(xiàn)象是供體到受體的一種能量轉(zhuǎn)移現(xiàn)象,這是由于熒光物質(zhì)受熱前熒光探針間距離較短造成的。因此,在供體激發(fā)波長(zhǎng)519nm處發(fā)出較弱的熒光,在受體的激發(fā)波長(zhǎng)553nm處發(fā)出較強(qiáng)的熒光。另一方面,隨著受熱產(chǎn)生的熱變性現(xiàn)象,與FRET現(xiàn)象相反。換句話說,熒光在519nm時(shí)較強(qiáng),而在553nm時(shí)較弱.

如圖5所示,我們繪制了供體、受體熒光強(qiáng)度與溫度的關(guān)系??梢源_認(rèn),供體和受體上發(fā)生的熒光強(qiáng)度逆轉(zhuǎn)的情況是由于FRET 現(xiàn)象消失導(dǎo)致的。


目前有多種方法可以確定TM 值,本實(shí)驗(yàn)中我們通過一階導(dǎo)數(shù)的峰值來確定TM 值。本次試驗(yàn)所用寡核苷酸的TM 值為49℃。(圖6)


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