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摘要該工作通過光學成像前端與智能計算后端協(xié)同突破現(xiàn)有瓶頸,將三維超分辨觀測從單細胞拓展至完整早期胚胎,為研究亞細胞精細結構及其長時程動態(tài)觀測提供了新的工具。

  【儀表網(wǎng) 研發(fā)快訊】以高時空分辨率捕捉活細胞精細結構的三維動態(tài),是解析復雜生命過程的重要基礎。光片顯微鏡兼具高速、低光毒和三維成像優(yōu)勢,但空間分辨率仍受衍射極限制約。如何進一步突破光片顯微成像的空間分辨率瓶頸,實現(xiàn)亞細胞尺度的三維動態(tài)觀測,是深入揭示生命活動規(guī)律的關鍵。
 
  9月28日,清華大學生命科學學院李棟教授課題組在《自然·光子學》(Nature Photonics)上發(fā)表題為“晶格光片激活結構光照明超分辨顯微鏡”(Lattice light sheet activation structured illumination super-resolution microscopy,LA-SIM)的長文(Article)。該工作通過光學成像前端與智能計算后端協(xié)同突破現(xiàn)有瓶頸,將三維超分辨觀測從單細胞拓展至完整早期胚胎,為研究亞細胞精細結構及其長時程動態(tài)觀測提供了新的工具。
 
  LA-SIM的關鍵設計是將觀測層選擇與結構照明超分辨分步實施。該研究首先利用405 nm晶格光片選擇性激活探測焦平面附近的可逆光開關熒光蛋白(rsFP),使目標層以外的分子保持關閉狀態(tài),從而獲得三維成像必須的光層切能力;隨后,可通過引入具有中央零強度區(qū)域的488 nm光場,選擇性關閉已激活薄層兩側的分子,進一步壓縮軸向發(fā)光范圍。在讀取階段,經(jīng)探測物鏡引入互補的488 nm結構照明,充分利用其數(shù)值孔徑獲得高空間頻率調制,并在采集熒光信號的同時使分子返回關閉狀態(tài)。該方案將光片(light sheet)成像的光學層切能力與SIM的高空間頻率調制能力有機融合,在保留光片成像優(yōu)勢的同時,實現(xiàn)三維超分辨成像。
 
  這一獨特的光學設計賦予LA-SIM多方面優(yōu)勢。首先,在每個選定的激活層中,0相位和π相位兩組互補照明可產(chǎn)生兩幅具有獨立噪聲特性的LA-SIM圖像,天然適用于Noise2Noise自監(jiān)督去噪。團隊進一步將這一特性引入自主提出的合理化深度學習(rDL)框架,構建了一種具有高保真度的自監(jiān)督圖像增強方法,有效緩解rsFP熒光亮度有限及光開關疲勞帶來的成像時程限制,實現(xiàn)低信噪比條件下的高質量超分辨重建,并進一步延長活細胞成像時程。其次,如果對兩組互補照明圖案分配不均衡的488 nm照明劑量,則rsFP關閉過程中的非線性響應將引入高階調制頻率,從而實現(xiàn)非線性結構光照明超分辨成像(NLSIM),進一步突破傳統(tǒng)SIM的2倍分辨率提升限制。在非線性SIM模式下,團隊最高實現(xiàn)了橫向約87 nm、軸向約203 nm的光學分辨率。
 
  為進一步緩解rsFP在標記顏色與長時程成像方面的限制,團隊開發(fā)三維Transformer超分辨模型SRFormer-pMoE,將高質量rDLLA-SIM數(shù)據(jù)所提供的具有真實光學分辨率提升的超分辨結構信息遷移至常規(guī)晶格光片圖像重建。SRFormer-pMoE融合三維空間與通道注意力機制、空間頻率信息融合及多尺度特征提取,并引入圖像塊級混合專家機制(pMoE)。模型包含約12億可訓練參數(shù),推理時僅激活約13%,兼顧計算效率與三維重建質量。在五類代表性生物結構測試中,該模型表現(xiàn)出優(yōu)于分別針對單一結構訓練的3D-RCAN模型的重建性能。研究還通過跨光譜通道測試評估其適用性,并引入貝葉斯學習與蒙特卡洛Dropout生成置信度圖,為超分辨推斷結果的可靠性評估提供輔助依據(jù)。
 
  SRFormer-pMoE作為寬場光片采集與計算超分辨推斷的橋梁,保留了常規(guī)光片模式的采集速度及多色標記兼容性,極大拓展了LA-SIM的應用范圍。研究展示了約74分鐘、近700個時間點的三色活細胞超分辨成像,追蹤了微管網(wǎng)絡及相關細胞器的動態(tài)互作,并進一步利用該體系觀察到運動中的溶酶體切割應激顆粒的動態(tài)過程。在多細胞厚樣品成像中,利用樣本表層的高質量rDLLA-SIM數(shù)據(jù)微調模型,并采用掃描激發(fā)與滾動快門相結合的電子共聚焦狹縫探測,可有效抑制散射背景,提升深層成像質量。在完整八細胞期小鼠胚胎中,團隊實現(xiàn)了超過2.5小時的長時程觀測,首次以三維超分辨成像性能觀察到單個溶酶體的融合與分裂;進一步在秀麗隱桿線蟲(C. elegans)胚胎中觀察到細胞融合過程中頂端連接的逐步解體,并捕捉到胚胎抽動階段的快速運動。上述結果展現(xiàn)了該方法解析多細胞生物發(fā)育過程中精細結構變化與動態(tài)行為的能力。
 
  該研究通過光學成像前端與智能計算后端的協(xié)同創(chuàng)新,突破了三維超分辨活細胞成像在速度、時程和多色兼容性等方面的限制,進一步拓展了LA-SIM的成像能力與應用邊界,推動其從技術方法創(chuàng)新邁向復雜生物體系研究的實際科研應用。
 
  清華大學膜生物學全國重點實驗室助理研究員董學、清華大學生命學院博士后孟權、中國科學院生物物理研究所2025屆博士畢業(yè)生楊曉雨、博士后陳浩宇、清華大學精儀系助理教授喬暢為本文共同第一作者,清華大學生命學院李棟教授為本文通訊作者。
 
  本研究得到了科技部、國家自然科學基金委員會以及新基石科學基金會的資助。
 
  引用:生命學院李棟課題組合作開發(fā)新型超分辨光片顯微鏡 清華大學 【引用時間:2026年9月29日】

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